El Plan Ambiental de El Colegio de la Frontera Sur (PAECOSUR) tiene como propósito mejorar el desempeño ambiental institucional a través de promover una cultura de responsabilidad y la aplicación de criterios ambientales que contribuyan a la sustentabilidad. Se atienden aspectos críticos como manejo de residuos sólidos y peligrosos, consumo responsable, conservación de la biodiversidad y educación ambiental.
El PAECOSUR forma parte de la Red de Programas Ambientales Institucionales del Consejo Regional Sur-Sureste de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior.